A área de Escolas Cívico-Militares coordena a implementação e o acompanhamento do programa nas unidades da rede estadual que adotam esse modelo. Atua no fortalecimento da gestão escolar, no desenvolvimento de um ambiente escolar adequado que promova a melhoria do processo ensino-aprendizagem e na promoção de valores como civismo, dedicação, excelência, honestidade e respeito, com o objetivo de preparar o estudante para o exercício consciente da cidadania.  

A área de Educação Especial atua para garantir o direito à educação inclusiva aos estudantes com deficiência, transtornos do espectro do autismo e altas habilidades ou superdotação. O trabalho envolve a organização de serviços de apoio, formação de profissionais e acompanhamento das escolas para promover a participação, o desenvolvimento e a aprendizagem de todos os estudantes na rede estadual.

A área de Convivência e Segurança Escolar desenvolve políticas e ações voltadas à promoção de um ambiente escolar seguro, acolhedor e respeitoso. Atua na prevenção de violências, no acompanhamento de ocorrências e na orientação às equipes escolares, fortalecendo a cultura de paz e as relações no ambiente educacional.

A área de Articulação com Municípios promove a cooperação entre o Estado e as redes municipais de ensino, apoiando o desenvolvimento de ações conjuntas voltadas à melhoria da aprendizagem. Atua no fortalecimento do regime de colaboração por meio do compartilhamento de programas, formações e suporte técnico e pedagógico.

A área de Escolas Particulares/Privadas apoia as Unidades Regionais de Ensino e orienta quanto as ações relativas aos processos de autorização de funcionamento e supervisão das instituições particulares/privadas de ensino vinculadas ao sistema estadual, garantindo a conformidade com a legislação educacional vigente e a qualidade da oferta.

A área é responsável por acompanhar, apoiar e fortalecer as Unidades Regionais de Ensino, promovendo o alinhamento às diretrizes da Secretaria da Educação, monitorando seu desempenho por meio de indicadores, disseminando boas práticas e oferecendo suporte técnico e estratégico. Também atua na melhoria contínua da gestão e da estrutura dessas unidades, na articulação com os órgãos centrais, na coordenação de eventos estratégicos e na organização do planejamento anual da Subsecretaria. Além disso, apoia o Gabinete do Secretário e a Diretoria de Pessoas nos processos seletivos e na avaliação de lideranças, garantindo alinhamento com os objetivos estratégicos da Secretaria.